Очень хороший вопрос про тИЦ, я даже не нахожу, что ответить, чтобы не соврать. Одно могу сказать точно: алгоритм определения тематики держится в секрете, однако этот алгоритм есть и более-менее может работать. Определить тематику сайта по его содержанию НЕвозможно со 100% уверенностью, учитываются многие факторы, в том числе и тематика сайтов, которые на него ссылаются. Поэтому когда вы присвоили сайту тематику сами, Яндекс не сомневается в ней, но, скорее всего, проверяет содержание на предмет соответствия (возможно, это делается вручную при модерации). Если вашего сайта нет в каталоге, то тематика у него определена автоматически, и, скорее всего, криво. Кривая тематика — кривой тиц. Но это все мое мнение.

Кстати, такое понятие как «тематика» вообще плохо формализуется. Например, на своем блоге я буду писать про темы, которые друг с другом никак вообще не связаны. Например, спорт, издательское дело, Образование и блогинг. И что тут может быть за тематика? : ) Яндекс с ума сойдет и отнесет это все в «прочее», соответственно ссылки на меня будут иметь меньший вес (но все-таки не нулевой).

Кстати, а как, тогда по вашему присваивают ТИЦ (ТЕМАТИЧЕСКИЙ) тем сйтам, которые не прописаны в каталоге?

В том, что вы описываете все правильно: первый АП сразу дает прирост (как уже правильно сказано — появилась тематика сайта). Но если робот Яндекса на ваш начал переходить по «говноссылкам», которые вы где-то купили, то спотыкается о тематику. Например, бот пришёл на ваш сайт с какого-то адалт ресурса (или с другого, не по теме). Как Вы думаете, поднимется ТЕМАТИЧЕСКИЙ индекс цитирования или опустится? Ну, вряд ли поднимется.

Да, и еще, сайты, которые регистрируют в каталогах в рубрике «прочее», «разное» и т. д. имеют больше шансов попасть под раздачу.